El Consorcio de Municipios Amazónicos y Galápagos COMAGA, cuenta con recursos humanos y financieros escasos, que se contrapone a las demandas crecientes y muy diversas de los municipios asociados. En este contexto, con el propósito de potencializar y optimizar el uso de estos recursos que se encuentran dispersos en los diferentes organismos que hacen desarrollo en la Región Amazónica Ecuatoriana, ha establecido un conjunto de alianzas estratégicas a través de convenios con organizaciones gubernamentales nacionales, organizaciones internacionales de cooperación y organizaciones no gubernamentales nacionales e internacionales, tendientes a mejorar el nivel de servicio de la más alta calidad.
En este ámbito, brindamos una lista con una breve descripción de las organizaciones e instituciones con las cuales el COMAGA mantiene convenios en su trabajo: